•    Přímými účastníky mezibankovního platebního styku mohou být obchodní banky, které mají povolení působit jako banka na území ČR, pobočky zahraničních bank a také spořitelní a úvěrní družstva. Zúčtovací centrum ČNB „komunikuje“ výhradně s centrálami jednotlivých obchodních bank. Pro každou obchodní banku vede ČNB pouze jeden účet mezibankovního platebního styku. Znamená to, že každá banka musí nejprve ve svém výpočetním středisku zpracovávat veškeré pořízené transakce svých klientů a poté z nich vyčleňovat převody do dalších bank - pouze tyto transakce mohou být předány do clearingového centra. Platební styk mezi klienty téže banky je výhradní záležitostí této obchodní banky a probíhá pouze v její „počítačové síti“, tedy bez jakéhokoliv zásahu ze strany ČNB. Pro úplnost je nutno konstatovat, že ČNB je nejenom provozovatelem zúčtovacího centra, ale také „účastníkem“ zúčtovacího centra („pod kódem banky 0710“).

•    „Účastníky zúčtovacího centra“ se zvláštním statutem mohou být (samozřejmě na základě bilaterální smlouvy s ČNB)  tzv. třetí strany. Jedná se o finanční instituce, které nejsou obchodními bankami, ale které hrají významnou roli na trhu – jedná se např. o clearingová střediska pro zúčtování transakcí z platebních karet nebo o instituce, které zajišťují zúčtování a vypořádání cenných papírů. Tyto „třetí strany“ nemají v ČNB založený účet mezibankovního platebního styku, mohou ovšem do zúčtovacího centra předávat (se souhlasem příslušného přímého účastníka) příkazy k převodům prostředků mezi přímými účastníky (např. k vypořádání výsledných sald při platbách, provedených platebními kartami nebo při platbách, které se vztahují k operacím na burze cenných papírů). Zúčtovací centrum ČNB využívá platební systém CERTIS (což je zkratka označení Czech Express Real Time Interbank Gross Settlement System) - viz též www.cnb.cz, část „Platební styk“ – „Systém CERTIS“.

Každý „účastník“ (tedy zejména obchodní banka) tohoto systému je jednoznačně identifikován kódem banky, který je povinnou součástí každé platební transakce. Vznik a provozování systému CERTIS, stejně jako práva a povinnosti jeho „účastníků“, jsou stanoveny zákonem č.284/2009 Sb. Účty pro mezibankovní platební styk jsou vedeny ČNB na základě „Smluv o účtech“, které ČNB uzavřela s jednotlivými „účastníky mezibankovního zúčtování“. Tyto „Smlouvy….“ stanoví pro všechny účastníky jak jednotné standardy, také rovněž právní a technické podmínky pro vedení účtů a pro předávání a zpracování dat mezibankovního platebního styku.

Systém CERTIS je založen na následujících principech:
•    brutto vypořádání v reálném čase (Real Time Gross Settlement, zkráceně RTGS),
•    vypořádání mezibankovních plateb v českých korunách bez ohledu na částku i bez ohledu na to, zda tyto platby byly iniciovány přímo příkazem klienta bance nebo nepřímo jako výsledek karetních operací, případně operací na burze cenných papírů,
•    vypořádání v penězích centrální banky probíhá na účtech mezibankovního platebního styku vedených v České národní bance (které slouží zároveň jako účty povinných minimálních rezerv, které jsou v České republice povinné. Tyto rezervy jsou stanoveny jako určené procento z depozit a mohou být používány k mezibankovním platbám,
•    přímá účast obchodních bank a úvěrních a spořitelních družstev,
•    přímé bilaterální vztahy mezi centrálou dané obchodní banky, resp. úvěrního a spořitelního družstva a systémem CERTIS,
•    neodvolatelnost položek akceptovaných systémem CERTIS,
•    zpracování různých typů transakcí,
•    nekryté platby nejsou ani realizovány ani odmítnuty, ale jsou „drženy ve frontě na zpracování“ (se dvěma stupni priority),
•    na účtech mezibankovního platebního styku, vedených ve zúčtovacím centru ČNB, není povoleno debetní saldo,
•    ČNB poskytuje „účastníkům mezibankovního zúčtování“ plně kolateralizovaný úvěr přes noc. Pokud však není tento „vnitrodenní úvěr“ splacen obchodními bankami do konce účetního dne systému CERTIS, cenné papíry, které slouží jako zástava pro vnitrodenní úvěr, jsou přesunuty na účet ČNB a potom slouží jako zástava pro úvěr přes noc neboli overnight úvěru.

CERTIS zpracovává úhrady, inkasa, opravné zúčtování (storna úhrad), transakce přidružených systémů a informační a kontrolní položky. Pokud se týká úhrad, CERTIS rozlišuje transakce s nízkou prioritou a 2 typy transakcí s vysokou prioritou - bankovní prioritní transakce a klientské prioritní transakce. Klientské prioritní transakce musí být připsány na účet příjemce ten samý den, kdy byly finanční prostředky odepsány z účtu plátce.

ČNB vede každému přímému účastníkovi pro účely vypořádání jeho mezibankovních plateb účet v českých korunách (na účtu mezibankovního platebního styku). ČNB provádí příkazy k převedení finančních prostředků z účtů mezibankovního platebního styku na základě instrukcí „účastníků“ zúčtovacího centra. Zúčtovací centrum ČNB zajišťuje veškerý mezibankovní platební styk výhradně v českých korunách (nikoli tedy v cizích měnách). Za tímto účelem má každá obchodní banka v ČNB otevřen účet v českých korunách (tzv. účet mezibankovního platebního styku), který používá k vyrovnání svých mezibankovních plateb. Zúčtovací centrum ČNB provádí příkazy k převedení finančních prostředků z těchto účtů na základě instrukcí příslušného peněžního ústavu - majitele účtu mezibankovního platebního styku.

Provoz účetního dne platebního systému CERTIS začíná v 17,00 hod. předchozího pracovního dne (D-1) a končí v 16,00 hod. následujícího pracovního dne (D). Doba mezi 15,30 hod. a 16,00 hod. v den D je využita pro "dolaďování" zůstatků na účtech jednotlivých obchodních bank. „Propustnost“ systému CERTIS (tj. maximální počet zpracovatelných plateb) je přibližně 1,5 milionu transakcí za hodinu. Zároveň existuje časový limit (14,30 hod.), od kterého mají účastníci systému CERTIS předávat svoje příkazy jen po předchozí domluvě s „přijímajícím“ účastníkem – za tímto účelem byl vytvořen přehled kontaktních osob, které jsou oprávněny k odsouhlasování plateb s „protistranou“.

Obchodní banky předávají zúčtovacímu centru ČNB průběhu dne data o převáděných transakcích v elektronické podobě podle závazných pravidel, která jsou stanovena Českou národní bankou. Tato data mohou být předávána buď prostřednictvím komunikační sítě nebo ve fyzické podobě na magnetických nosičích dat. Po převzetí jsou všechna data (tj. všechny obchodními bankami zasílané transakce) zúčtovacím centrem podrobena kontrole. Pokud zaslaná data splňují veškeré technické požadavky, je zahájeno jejich vypořádání. V průběhu tohoto procesu se kontroluje, zda je na účtu obchodní banky plátce ve zúčtovacím centru dostatek peněžních prostředků na krytí každé jednotlivé položky. V kladném případě je platba okamžitě provedena; tj. je odepsána z účtu banky plátce a  připsána ve prospěch účtu banky příjemce.

Transakce, které jsou zpracované zúčtovacím centrem, jsou obchodním bankám průběžně v průběhu dne předávány elektronickou formou. Také transakce, které jsou účtované prostřednictvím zúčtovacího centra, jsou zpoplatňovány. Obchodní banky často přenášejí tento poplatek na klienty. ČNB stanovuje poplatky za transakce v návaznosti na skutečné náklady operací zúčtovacího centra. Stanovením cen za poskytované služby (tedy poplatků) však zároveň stimuluje obchodní banky k optimálnímu časovému rozložení dat o platbách, které předávají zúčtovacímu centru. Vzhledem k množství předávaných transakcí zúčtovací centrum usiluje o to, aby jednotlivé obchodní banky předávaly „informace o svých platbách“ co nejdříve, aby v závěru účetního dne nedocházelo k zahlcení zúčtovacího centra.

Proto je současný poplatek za zpracování jedné položky na začátku účetního dne velmi nízký. Naopak na konci účetního dne, kdy jsou předpokládány pouze mezibankovní transakce o značných finančních objemech, je cena za jednu položku podstatně vyšší. Aktuální ceník mezibankovního platebního styku je uveden na www.cnb.cz, v části „Platební styk“-„CERTIS–Systém mezibankovního platebního styku“- „Služby pro klienty, ceník“.

Počet transakcí, zpracovaných systémem CERTIS, je uveden na www.cnb.cz, konkrétně v části „Platební styk“-„CERTIS–Systém mezibankovního platebního styku“ – „Statistické údaje“. Pokud se jedná o převod finančních prostředků v rámci jednoho peněžního ústavu, je transakce odepsána z účtu plátce a připsána ve prospěch účtu příjemce v den účinnosti převodu bez ohledu na to, zda se jedná o úhradu nebo o inkaso.

Při platbách mezi účty, vedenými ve dvou peněžních ústavech, jsou příkazy k zúčtování převáděny tak, že
•    u příkazů k úhradě je platba první den odepsána z účtu plátce a předána do zúčtovacího centra ČNB, následující den je transakce zpracována zúčtovacím centrem a předána obchodní bance, která vede účet příjemce, a ta jej ihned zaúčtuje ve prospěch jeho účtu,
•    u příkazů k inkasu je první den informace o inkasu tzv. „neúčetně“ předána pořizující obchodní bankou do zúčtovacího centra ČNB. Zúčtovací centrum tuto informaci druhý den předá do obchodní banky, která vede účet plátce. Třetí den banka plátce ve svém počítačovém systému zkontroluje, zda je inkaso z tohoto účtu  povoleno a zda je na něm dostatek volných finančních prostředků. Pokud je tomu tak, „změní“ se inkaso na úhradu a platba „jde zpět“ do pořizující obchodní banky v „podobě“ a ve lhůtách stejných jako u příkazů k úhradě.