Základní verze zabezpečení internetového bankovnictví je v některých případech nedostatečná a dodatečné zabezpečení aplikace si banky často nechávají zaplatit. 
 Vyšší úroveň zabezpečení internetbankingu s sebou nese vyšší náklady. Ty banky často přenášejí na své klienty, čímž je mnohdy odrazují od využívání bezpečnějších technologií.